Holt sống tại Manhattan với vợ là Carol Hagen. Hai người đã có hai người con trai, Stefan và Cameron.[16] Stefan Holt tốt nghiệp Đại học Pepperdine năm 2009 và là người dẫn tin tức buổi sáng tại đài WMAQ-TV của NBC tại Chicago.[34] Năm 2016, Stefan chuyển tới cùng tầng trường quay Nightly News của cha khi gia nhập WNBC, và sau đó kế nhiệm cựu chiến binh Chuck Scarborough làm người dẫn lúc 23 giờ của đài.[35] Lúc rảnh rối, Lester thích chơi đàn guitar bass, như ông chia sẻ trong số tháng 9/10 năm 2009 của tạp chí Making Music.[17][36][37] Vào ngày 6 tháng 9 năm 2017, The Today Show đưa tin Holt đã đón người cháu trai của mình, là con của Stefan.

Holt thường dự Nhà thờ Chúa Manhattan ở New York.[38]